W roku 1576 rozpoczęto budowę nowego kościoła. Zaświadczał o tym napis na tęczy nowego kościoła: "Jaśnie Wielmożna Pani, Pani Anna z Sieniawy Jordanowa, Kasztelanka krakowska, własnym kosztem ten Dom Boży na cześć Przenajświętszej Trójcy ufundowała w 1576 roku, wykończyła w 1579 roku. Módlmy się za nią..."

Po wybudowaniu kościoła Trójcy Przenajświętszej, dotychczasowa kaplica św. Wawrzyńca została przemianowana na kaplicę szpitalną. Wytrwała i gorliwa praca kolejnych duszpasterzy powoli przemieniała twarde charaktery i skłaniała do coraz godniejszego życia. Jednym z owoców tej pracy było założenie 20 października 1616 r. Bractwa Różańcowego, które miało swoją duchową przystań w murowanej, krytej blachą kaplicy, która znajdowała się obok drewnianego kościoła Przenajświętszej Trójcy. Znajdował się tam czczony już wówczas obraz Matki Bożej wykonany na wzór jasnogórskiej ikony.

Od roku 1699, dzięki fundacji ks. Marcina Matyszewicza przy jordanowskim kościele dwaj misjonarze śpiewali Godzinki ku czci Niepokalanego Poczęcia NMP. W latach 1702-1773 posługę duszpasterską pełnili tutaj ojcowie jezuici.

Drewniany kościół parafialny został gruntownie odnowiony już w 1722 roku, za prepozytury ks. Ambrożego Pruss de Lisice Lisickiego. Równie wielkie remonty przeżywała jordanowska świątynia pięćdziesiąt lat później, gdy prepozytem w Jordanowie był ks. Wacław hr. Sierakowski.W roku 1743 przy jordanowskiej świątyni rozpoczęło działalność Bractwo Szkaplerza Świętego, ustanowione przez biskupa krakowskiego Jana de Lisice Lisickiego.

Z biegiem upływających lat, gdy następował wzrost ludności, coraz bardziej naglącą potrzebą było oddzielenie Jordanowa od parafii w Łętowni. Wszystkie te usiłowania nie mogły się jednak powieść, gdyż sprzeciwiał się temu proboszcz z Łętowni. W dniu 15 maja 1855 roku Plenipotent miasta Jordanowa - Stanisław Oleaczek wraz z radnymi i wójtami wystosowali pisemną prośbę do Konsystorza biskupiego w Tarnowie (Jordanów należał wówczas do diecezji tarnowskiej). W piśmie tym prosili: "...Już od kilkunastu lat żyjemy w nadziei otrzymania swego własnego oddzielonego od Łętowni Ks. Proboszcza... a nasze najszczersze życzenia i najsłuszniejsze żądania nie są uskutecznione. Dlatego jeszcze raz upraszamy... aby parafia nasza jak najrychlej własnym, udzielnym i niezawisłym od Łętowni duszpasterzem mogła być obdarzona... Sądzimy, że u nas dla Ks. Proboszcza dostateczne będzie utrzymanie... Każdy się dziwi, że lubo dostateczne utrzymanie mamy i swego własnego proboszcza wyżebrać nie możemy, miasto w względzie parafialnym od wsi zależy, czego nawet wstydzić się musimy. Dlatego z wielką pokorą udajemy się do Jaśnie Wielmożnego Najprzewielebniejszego Konsystorza."

Starania te zostały uwieńczone sukcesem. Biskup tarnowski Józef Alojzy Pukalski 18 czerwca 1856 r. erygował w Jordanowie samodzielną parafię. Pierwszyzn proboszczem został ks. Jan Nowak. W ten sposób po bardzo długim okresie starań zostało urzędowo zatwierdzone to, co w istocie od dawna było już faktem. Tak rozpoczęła się nowa karta w historii Jordanowa.

Wyrazem troski duszpasterskiej o pogłębienie życia wewnętrznego było założenie przez ks. Jakuba Bułakiewicza 29 września 1887 r. Trzeciego Zakonu Św. Franciszka. Dziesięć lat później (23.IV.1897) ks. Michał Grudziński powołuje do istnienia Żywy Różaniec. On też rozpoczął przygotowania do budowy nowego kościoła w Jordanowie.

Zamysł poprzednika rozpoczął realizować ks. Ludwik Choróbski: "Na większą chwałę Boga, cześć Najświętszej Maryi Panny i Wszystkich Świętych oraz na duchowy pożytek parafian i na pamiątkę potomności, podaje się, że kościół ten rozpoczęto budować w 1908 roku, a kamień węgielny położono dnia 17.X.1908 r. Na Stolicy Apostolskiej zasiada w tym czasie Jego Świątobliwość Ojciec Św. Papież Pius X... Na tronie biskupim w Krakowie Jego Eminencja Książę Kardynał Jan z Kozielska Puzyna... Dziekanem dekanatu makowskiego ks. Bronisław Niklewicz, u proboszczem w parafii Jordanów ks. Ludwik Choróbski". Architektem świątyni został znany artysta Jan Sas - Zubrzycki, profesor Politechniki Lwowskiej, który zaprojektował trzynawowy, przedzielony kamiennymi filarami z kamieniołomu w Bystrej kościół w stylu neogotyckim, tzw. nadwiślańskim. Kościół jeszcze niewykończony oddano przez poświęcenie do Służby Bożej, 8 grudnia 1912 roku. Wymownym znakiem tego wydarzenia jest figura Niepokalanej umieszczona na szczycie ołtarza głównego, który ukończono w 1927 roku, na rok przed śmiercią Ks. Ludwika Choróbskiego, budowniczego kościoła.

Kościół został wybudowany z cegły z kamiennym cokołem, długi na 50, szeroki na 30 metrów. Nad nawą główną znajduje się sygnaturka z czterema wieżyczkami. W dużej wieży znajdują się trzy dzwony:

Historia jordanowskich dzwonów jest niezwykle stara i barwna. Najstarszy jordanowski dzwon powstał w 1545 roku, czyli jeszcze przed założeniem miasta i nosił imię Maryja. Opasujący go łaciński napis głosi: Dum Maria Sonat, omnia plasmata fuginat (Gdy brzmi "Maryja" niech pierzchają wszelkie złe stwory). Na początku XX wieku proboszcz ks. Ludwik Choróbski sprzedał go do Pieniążkowic, gdzie znajduje się aż po dzień dzisiejszy.

W 1589 roku do kościoła jordanowskiego ufundowano drugi dzwon, a umieszczony na nim łaciński napis głosił: Verbum Domini mant in aeternum (Słowo Pana trwa na wieki). Kolejny dzwon powstał w 1671 roku i został poświęcony Trójcy Świętej. Wszystkie trzy dzwony znajdowały się na osobno stojącej dzwonnicy, natomiast sygnaturka na kościele.

Wraz z powstaniem nowego kościoła ufundowano nowe dzwony. Dwom po- zostawiono dawne imiona (Trójcy Św. i NMP) i powtórzono dawne napisy, trzeciemu nadano imię Bonawentura, dla upamiętnienia jego fundatora: Bonawentury Gaika, nauczyciela z Wysokiej. Przy tej okazji ufundowano również sygnaturkę.

Podczas I wojny światowej w przemyśle zbrojeniowym zaczęło brakować surowca do produkcji amunicji. 16 X 1916 roku zarekwirowano największy dzwon kościelny oraz dzwony z kaplic: w Wysokiej, Bystrej Podhalańskiej i Toporzysku. "Serce człekowi się ściskało - pisał ks. Choróbski - gdy go zrzucano i na drugi dzień do kolei odwożono... Ogólny płacz, lament, ba, nawet prorokowanie niebłogosławieństwa".

Rok później zabrano z kościoła pozostałe dwa dzwony. W powojennej biedzie ciężko było znaleźć środki na zakup nowych dzwonów. Dopiero kilka lat po wojnie ksiądz Choróbski zamówił trzy dzwony w Bielsku (400 kg, 650 kg i 1340 kg). Nowe dzwony zadzwoniły jednak po raz pierwszy na pogrzebie Ks. Ludwika Choróbskiego, który zmarł w 1928 roku.

W 1941 roku Rzesza Niemiecka rozpoczęła wojnę ze Związkiem Radzieckim a niemieckie fabryki amunicji potrzebowały dodatkowych surowców, dlatego zarekwirowano dzwony jordanowskie wraz z sygnaturką.

Po wojnie, w 1946 roku, dzięki wysiłkom księdza Józefa Sławińskiego sprawiono pierwszy dzwon z umieszczonym na nim napisem: Królowo Korony Polskiej, módl się za nami - Królowi wieków nieśmiertelnemu cześć i chwała. W 1957 już za proboszczowania ks. Henryka Mroza sprawiono drugi, a napis na nim głosi: Królowo Polski, Ciebie za patronkę narodu polskiego uznajemy. Pomnij na oddany Tobie naród. W 1959 roku sprawiono trzeci dzwon, który został poświęcony Trójcy Przenajświętszej.

Konsekracja kościoła w Jordanowie odbyła się w Uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, 8 grudnia 1972 roku, po 60 1atach od odprawienia pierwszej Mszy Świętej 8 grudnia 1912 r. Tego uroczystego aktu oddania świątyni na wyłączną służbę Bogu dokonał ks. kardynał Karol Wojtyła. W czasie liturgii powiedział: "W tym roku, w którym minęło 60 lat od pierwszej Mszy Świętej, tu właśnie na tym miejscu w dniu 8 grudnia odprawionej. W tym roku zgromadziliśmy się licznie rozradowani obecnością wielu kapłanów, nie tylko naszych parafialnych, ale także dekanalnych i z sąsiednich parafii, rodaków i dawnych tutejszych duszpasterzy. A najbardziej rozradowaliśmy się tym, że nasz kościół parafialny został dzisiaj poświęcony i konsekrowany na wzór samej Bogarodzicy. Bo przecież to jest dzień Jej Poczęcia Niepokalanego. To jest dzień, w którym stała się nie tylko dzieckiem swoich Rodziców, ale najwspanialszą świątynią Bożą. Wolna od grzechu pierworodnego pełna łaski w samej chwili swego poczęcia była przysposobiona przez Przenajświętszą Trójce, żeby dać życie ludzkie Synowi Bożemu w swoim czasie. I w tym dniu świątynia nasza przyjmując konsekrację dała nam wzór tej świątyni Bożej, jaką stawać ma się każdy człowiek. Bo przecież tak powiedziano do nas i o nas: " Czy nie wiecie, że jesteście świątynią Bożą i że Duch Święty mieszka w was? ".

Niezwykle ważnym wydarzeniem dla jordanowskiej parafii był rok 1999. W czasie podróży apostolskiej do ojczyzny, Ojciec Święty Jan Paweł II - w Warszawie 13 czerwca - wyniósł do chwały błogosławionych 108 polskich męczenników z okresu II wojny światowej. W gronie beatyfikowanych byli biskupi, kapłani, zakonnicy i zakonnice, ludzie świeccy. Wśród nowych błogosławionych znaleźli się również dwaj kapłani - męczennicy pochodzący z jordanowskiej parafii. Byli to: Ks. Piotr Dańkowski (1908 -1942) i ks. Stanisław Pyrtek ( 1913 - 1942). Ksiądz Piotr będąc wikariuszem w Zakopanem został aresztowany za udział ruchu oporu, znalazł się w Auschwitz - Birkenau, gdzie będąc dręczonym przez oprawców zginął z kłodą na ramieniu w Wielki Piątek - 3 kwietnia 1942 r. Jest patronem powołań kapłańskich. Ks. Stanisław był kapłanem niespełna półtora roku. Pracował na Wileńszczyźnie, gdzie został aresztowany za potajemne katechizowanie. Zginął od strzału w tył głowy w lesie koło Berezwecza 4 marca 1942 roku.. Jest patronem katechetów. Dziś jordanowska świątynia cieszy i napawa dumą parafian, zachwyca wewnętrznym pięknem i porządkiem pielgrzymów i turystów, którzy tutaj przybywają. Nie oznacza to jednak, że nie ma już żadnych prac w obrębie świątyni i parafii. Oprócz podejmowanych systematycznie prac konserwatorsko - porządkowych, które widać, każdego dnia w ciszy świątyni dokonują się dzieła najważniejsze, a często niedostrzegalne dla ludzkich oczu. Dzień po dniu, przy ołtarzu, w kościelnych ławkach, przy kratkach konfesjonału, na kolanach przed Najświętszym Sakramentem spotyka się Bóg z człowiekiem. I w ten sposób buduje się i nieustannie wzrasta najpiękniejsza świątynia - świątynia ludzkiego serca.

Tekst: Za: Ks. D. Głuszko, Matko, do Jezusa prowadź nas, Kraków 2006.